北京同仁医院眼科的特长是在眼底病、眼外伤、青光眼、角膜移植、眼部整形、激光诊疗；
　　北京同仁医院耳鼻咽喉科在人工耳蜗植入、全耳再造、听力康复、头颈肿瘤治疗、气管异物取出、鼻内窥镜技术、睡眠呼吸暂停综合症治疗等方面处于国内领先地位，某些领域达到国际先进水平。

　　北京同仁医院设有知名专家汇集的北京市眼科会诊中心、北京市耳鼻咽喉科会诊中心、北京市糖尿病综合会诊中心、北京泌尿外科会诊中心，还建立了国际眼病诊疗中心、白内障防治中心、屈光矫治中心、验光配镜及隐形眼镜中心、鼻眼相关疾病诊疗中心、睡眠呼吸监测中心、临床听力学中心以及人工耳蜗植入中心等全方位医疗服务体系。

北京同仁医院一院三址的布局：
同仁医院（北京市东城区东交民巷1号，百年老院）
同仁医院东院（北京市东城区崇文门内大街8号，2004年2月开诊）
同仁医院南院（北京经济技术开发区西环南路2号，2004年5月开诊）

　　同仁医院本院及东院均位于北京的中心地区---东城区东交民巷1号，交通方便，就在2号线地铁崇文门站出口处，乘坐地铁去非常方便，快捷。公交车有特2路，9路，111路，807路，39路，110路，116路，106路，41支路，812路，813路，8路，703路，104路，108路，48路，43路等均在崇文门站下车即到。

　　同仁东院可以说是特需医院，设施，环境，服务都要好很多，患者相对较少，费用比老院贵。同仁南院位于北京南五环亦庄开发区，位置相对比较偏，交通不是很便利，主要服务于附近的社区居民，大夫由同仁医院的各科大夫轮流过去上班。