中国中医科学院望京医院建院于1997年1月，由原中国中医研究院骨伤科研究所、北京针灸骨伤学院附属医院和骨伤系合并组建。经多年建设，现已发展成一所以中医骨伤科为重点，其他学科同步发展，集医疗、科研、教学为一体的三级甲等中医医院。
医院占地面积78亩，建筑面积67870 m2，固定资产3.56亿元，编制床位1100张，开放床位701张。设有17个职能处室、34个临床科室、9个医技科室、20个病区、2个三级实验室、13个教研室。设有社区卫生服务站和120望京急救站。
医院现有职工1102人，其中：高级职称158 人，博士生导师13人，硕士生导师21人，北京中医药大学七年制本硕连读导师74人；医学博士47 人，医学硕士157 人；享受国务院政府津贴专家17人；国家级名老中医2 人，北京市名老中医 5 人；中国中医科学院首席研究员2人，学科带头人7人。
医疗服务。医院设有急诊科、重症监护病房（ICU）、心血管内科（内设CCU）、肾病内分泌科、脾胃病科、呼吸科、风湿病科、肿瘤科、脊柱一科、脊柱二科、创伤一科、骨伤综合科、骨关节一科、骨关节二科、骨关节三科、骨关节四科、外一科、外二科、妇科、儿科、针灸科、血液净化中心、治未病科、康复科等。医院地处望京地区，承担着近30万人口的医疗救治服务工作以及妇幼保健、计划免疫等六位一体的预防保健任务。医院科室齐全，诊疗设备先进；门诊宽敞整洁，病房舒适温馨，环境幽雅。
望京医院中医骨伤科是国家临床重点专科、国家中医药管理局重点学科、重点专科、国家中医药管理局筋伤治疗手法重点研究室，国家中医药管理局骨伤重点专科协作组组长单位。中医骨伤科为医院的优势专业科室，在脊柱、关节、创伤三个方向设8个临床科室；开设了项痹病（颈椎病）、腰痛病（腰椎间盘突出症）、拇外翻和骨蚀（股骨头坏死）等优势专病门诊，以及24小时开放的骨科急诊；在中医骨伤治疗上独具特色，部分专病的治疗在国内外居领先水平，现已初步形成了亚专科相对齐全、设备先进，技术优良，整体实力较强，中医特色明显，学缘结构合理，能够为患者提供骨伤科全面医疗服务的优势临床专科。
肾病科是国家临床重点专科、国家中医重点专科。以慢性肾衰竭、糖尿病肾病、慢性肾脏病、尿路感染作为重点病种。常规运用中药口服、中药结肠透析、中药熏洗、外治等多种疗法，尤其在慢性肾脏病、糖尿病肾病等多种慢性肾脏病的治疗方面见长，中医疗效肯定。
脾胃病科是国家临床重点专科、国家中医重点专科建设单位。脾胃病科传承路志正国医大师的临证经验和学术思想，在脾胃病和肝胆疾病的诊治方面，立足传统中医药，突出中医特色疗法，如：中药汤剂口服、针刺、灸法、穴位敷贴、中药灌肠、穴位注射、中药离子导入、结肠水疗、推拿、耳针、拔罐、穴位埋线、中药熏蒸泡脚、电针、电蜡疗、自血疗法、放血疗法、刺血疗法等，以人为本，综合治疗，在常见病、疑难病和急危重病的诊治方面均取得满意的临床疗效。
康复科是国家临床重点专科、国家中医重点专科。以神经康复为主导，引入现代康复医学评估和治疗体系，将传统中医药治疗手段如针灸、中药、按摩、熏洗、导引等，与物理治疗、 作业治疗、言语治疗、吞咽治疗、康复工程等现代康复治疗手段紧密结合，为广大患者提供全面、系统的中医特色康复医学诊疗服务。
眼科是国家中医重点专科协作组成员单位。
急诊科是国家中医重点专科、全国中医急诊临床基地建设单位。急诊科设有抢救室、急诊重症监护室（EICU）、导管室、急诊病房等，设有心、脑血管绿色通道。
重症医学科是国家中医重点专科培育项目单位。科室配备动态空气消毒系统。对各种昏迷、休克、呼吸衰竭、脓毒症、ARDS、MODS、围手术期支持等急、危重症有丰富的中、西医救治经验。
风湿病科是国家中医重点专科。风湿病科采用综合疗法，辨证使用中药汤剂、离子导入、熏蒸、泡洗等疗法，治疗类风湿关节炎、强直性脊柱炎、成人斯蒂尔病等。
肿瘤科是国家中医重点专科建设单位。以骨转移瘤、肺癌、乳腺癌、结直肠癌、妇科肿瘤等为优势病种。针对优势病种该科形成了一整套中医特色综合疗法，如骨转移瘤，在“平衡阻断”疗法指导下，以益肾骨康汤口服，骨痛贴和骨康膏外治，能有效提高生活质量、延长生存期。运用中药穴位注射疗法和耳穴埋豆法，有效改善患者恶心、呕吐等症状。
呼吸科是国家中医重点专科建设单位。以COPD、肺炎、支气管哮喘为临床研究重点及特色优势病种。经过长期的临床医疗实践积累，确立了“益气化痰平喘法”为COPD稳定期治疗的方案，多项研究证实：这一疗法可有效的减少COPD急性加重次数，延缓肺功能的下降，阻止病情进展，改善生活质量。该以“疏风宣肺止咳”法治疗感冒后咳嗽并开展戒烟门诊、冬病夏治。
临床药学部是首批国家中医药管理局临床药学国家中医重点专科培育项目单位、北京市首批示范中药房、北京市药物警戒站单位。
针灸科是全国针灸医疗中心北京分中心，北京市中医管理局重点专科。针灸科在脑血管病、痛证、脾胃病的治疗方面形成完整的治疗体系。该科首创的“颅底七穴”法对于帕金森病、特发性震颤及自主神经功能紊乱相关的多种病症具有较好治疗作用；该科总结的改良“合刺”针法对于癫痫疗效显著。
妇科是北京市中医管理局重点专科。采用一方三法即同一方药，分别予口服、灌肠、中药离子导入治疗慢性盆腔炎，疗效满意。施行各种妇科手术如附件切除术、子宫切除术。妇科腔镜微创手术为优势项目。
心血管科是国家中医重点专科协作组成员单位，望京医院院级重点专科。运用中医药治疗心血管疾病重在整体调节，具有多靶点、多途径、多层次整合作用。该科自拟中药“心竭宁方”治疗慢性心力衰竭可明显改善临床症状，提高运动耐力，有效缩短病程，显著提高心衰患者的生活质量；“増率复脉汤”治疗缓慢性心律失常可有效提高心率，部分患者可避免或推迟安装起搏器，采用中西医结合治疗高血压使血压得到很好的控制。
手术麻醉科拥有现代化层流手术间和先进的麻醉机、BIS监护仪、各类微创手术配套腔镜设备、低温等离子射频等一流的手术设施。
儿科是北京市中医儿科诊疗中心建设单位。综合运用穴位贴敷、中药口服、推拿捏脊等方法治疗厌食，便秘，急、慢性腹泻疗效良好，尤其对迁延性、慢性腹泻具有独特疗效；采用伏九贴敷疗法治疗哮喘、过敏性鼻炎、反复呼吸道感染，取得了良好的临床疗效。
