南京大学医学院附属口腔医院暨南京市口腔医院、南京大学口腔医学院，创建于1947年，前身为国民政府中央卫生实验院牙病防治所。新中国成立后，其成为政府重点建设的5所全国中心城市口腔医疗机构之一。经过66年的发展，已成为一所以临床口腔医学为优势，医疗、教学、科研、预防并重的大型三级甲等口腔医院，医院规模、开展的医疗项目和工作效率指标位居全国三级口腔医院前列。现为中国医师协会口腔医师分会副会长单位，江苏省口腔医学会会长单位，江苏省口腔科医疗质量控制中心主任单位，江苏省口腔临床医学继续教育与口腔住院医师规范化培训中心，江苏省口腔执业医师临床技能定点考核机构，江苏省抗癌协会头颈肿瘤外科专委会挂靠单位，国家药物临床试验机构。
　　医院建筑面积逾20000平方米，一座31000余平方米的新的医疗综合楼正在建设中。在职职工620余人，口腔综合治疗台255台，病床100张，年门急诊量67万人次，年出院病人2700人。
　　科室设置齐全，技术力量雄厚。拥有国家临床重点专科建设单位2个，省级重点学科（专科）4个，省医学创新团队2个，市级重点学科（专科）3个，市医学重点实验室1个。口腔颌面外科为国家临床重点专科建设单位、江苏省医学重点学科、江苏省临床重点专科，技术辐射能力强，所收治的外省市病员占50%。牙体牙髓病科为国家临床重点专科建设单位、江苏省临床重点专科、南京市医学重点学科。口腔修复科为江苏省医学创新团队、江苏省临床重点专科。口腔粘膜病科为江苏省医学创新团队。口腔正畸科、口腔颌面医学影像科为南京市临床重点专科。口腔种植科、牙周病科、儿童口腔科、预防口腔科为特色品牌专科。 

　　医疗设备先进，拥有西门子全身螺旋CT、三维数字牙科CT（CBCT）、数字化放射影像系统（DR）、计算机辅助设计与制造义齿设备（CAD/CAM系统）、3D打印机、口腔显微镜等高级医疗设备。

　　医院以创新驱动，实施"人才强院"、"科教兴院"战略，坚持高端引领，走精品化、特色化和国际化发展之路，打造特色技术和核心技术，推进“名医、名科、名院”建设和研究型医院建设。全院高级职称专家100人，中国医师协会口腔医师分会副会长1人，国家级专业委员会主任委员1人、副主任委员3人、常委10人、委员22人，卫生部有突出贡献中青年专家1人、省级有突出贡献中青年专家2人，政府特殊津贴专家2人，省333高层次人才7人、省医学领军人才2人、省医学重点人才2人、省“六大人才高峰”人才6人，市中青年行业技术学科带头人9人、市卫生青年人才工程16人。博士研究生导师3人、硕士研究生导师14人，教授9人、副教授15人。近年来，获国家自然科学基金10项、省市课题72项，SCI收录论文53篇，科技奖励20余项，其中江苏省科技进步二等奖2项。拥有国家级双语课程1项，江苏省特色品牌专业1项，南京大学精品课程1项。为南京大学口腔科学博士点和口腔医学一级学科硕士点。目前在校博士研究生9人、硕士研究生85人、研究生课程班75人。与世界大学联盟口腔/牙科学院成员间保持密切交往与合作，与美国密歇根大学和英国利兹大学口腔医学院签署长期合作协议，成功举办"世界大学联盟口腔医学论坛"等国际学术会议。在复旦大学医院管理研究所发布的医院及专科排行榜中，南京大学医学院附属口腔医院位列全国口腔专科第九，这是国内同行专家对南京大学医学院附属口腔医院专科实力给予的肯定。