华西医院有高级职称的临床专家800余人，正高职称400余人；专家中有中国医师协会副会长1人，中华医学会副会长1人，中华医学会专业委员会主任委员2人、副主任委员5人。华西医院现有国家重点学科11个，在呼吸、消化、心内、心胸外、普外、骨科、儿外（与华西第二医院儿科共同）、肿瘤、麻醉、心理卫生以及影像医学与核医学等方面处于国内领先水平，部分达到国际领先水平。
　　呼吸内科：2002年、2007年获评教育部国家重点学科。在复旦大学2009年度中国最佳专科声誉排行榜上名列全国第5。现呼吸内科设有一病区、二病区、结核病房和内科ICU，合计床位155余张，为全国床位数最多的呼吸科。同时设有肺功能检查室、纤维支气管镜室、肥胖与睡眠呼吸障碍诊治中心以及高压氧治疗室（筹建）等。现有工作人员100余人，其中正高职称12人，副高职称12人，博士生导师6人，硕士生导师10人。主要诊治呼吸系统的常见病、多发病如慢性支气管炎、肺气肿、肺心病、哮喘、肺炎、肺癌、气胸、胸腔积液等；对疑难病的诊治水平居中国西部之首。
　　消化内科：2007年获评教育部国家重点学科，在复旦大学2009年度中国最佳专科声誉排行榜上名列全国第九，在卫生部2010年国家临床重点专科建设项目评估中名列全国第七，消化内镜中心为卫生部全国培训基地。
　　现有职工92人，其中专业技术人才89人，含正高职称5人、副高职称12人。学科带头人唐承薇教授任中华医学会消化分会常委，消化介入协作组组长；四川省消化专委会主任委员。有病床128张，共设上消化道疾病、下消化道疾病、肝脏疾病、胆胰疾病、内镜治疗、消化介入等六个临床亚专业及学术研究方向。
　　胸外科：2007年获评教育部国家重点学科，2011年获评卫生部“国家临床重点专科”，卫生部胸外科专科医师培训基地和四川省重点学科。
　　现有专业技术人才97人，含正高职称6人、副高职称7人。学科带头人刘伦旭教授任中华医学会胸心血管外科学分会青年委员会常务副主委。现有病床84张，下设肺部疾病、食管疾病、纵隔疾病、胸壁疾病、胸部创伤等5个临床亚专业及学术研究方向。2011年诊治门诊病人23023人次、住院病人2659人次，开展手术2280台，临床医疗技术和水平国内领先。心脏外科：2011年获评卫生部“国家临床重点专科”。现有专业技术人才68人，含正高职称6人、副高职称4人。学科带头人石应康教授任中华医学会胸心血管外科学分会副主任委员（候任主任委员）、中国医院协会副会长、中华医学会创伤学分会副主任委员。现有病床84张，下设先天性心脏病、成人心脏病、大血管疾病3个临床亚专业及学术研究方向。2011年诊治门诊病人26075人次，住院病人3183人次，开展手术2228台，临床医疗技术和水平国内领先。
　　普外科：2002年、2007年获评教育部国家重点学科，在复旦大学2009年度中国最佳专科声誉排行榜上名列全国第3。现已发展为包括胆道外科、甲状腺乳腺外科、肝胆胰外科、肝脏及血管外科、胃肠外科中心5个科室的大型普通外科，共有病床408张，2011年门诊病人221520人次、住院病人17476人次、开展手术20578台，临床医疗处于国内领先水平。