新疆兵团医院正式成立于1982年，目前已发展成为集医疗、教学、科研、预防、保健、康复为一体的省级综合性三甲医院。医院不仅承担着兵团、自治区广大人民群众保健的任务，还担负着兵团主要疑难危重疾病的诊治和突发公共卫生事件的救治任务。几十年的艰苦奋斗，兵团医院誉满天山，先后荣获全国扶残助残先进单位，全国残疾人三项康复工作先进单位，全国三甲医院感染工作先进单位，全国优秀价格监测定点单位，连续五年荣获自治区药品价格定点监测先进单位一等奖、连续三年荣获乌鲁木齐市医疗保险优秀定点医院和医疗保险先进单位，连续两年荣获优秀商业保险定点医院,荣获兵团、乌市文明单位等荣誉称号。
改革开放使位于祖国西部边陲的新疆生产建设兵团焕发出勃勃生机，作为兵团设在乌鲁木齐市的唯一一家三甲医院，在紧紧把握稳定发展主题的同时，狠抓人才培养和学科建设，形成了一支高素质的人才队伍和一批高水平的特色科室，现有国务院政府津贴专家6人，教授、副教授38名，高级职称101人，中级职称207人，硕士生导师10人，设有30多个临床、医技科室和20多个专科门诊检查、治疗处室，是石河子大学医学院第二附属医院、新疆医科大学教学医院。
“科学技术是第一生产力”。2005年，新一届领导班子组建以来，不断加大科研技术创新的力度，仅2007年就开展了26项技术，医院总收入首次突破了亿元大关。近年来，医院在国内外刊物上发表学术论文600余篇，参加国际学术会议20余次，开展新技术、新项目300多项，获得国家、自治区及兵团科技成果一、二、三等奖共40项，并设立了“兵团医院科研基金”和“兵团医院青年科研基金”项目。同时，开展的主动脉夹层支架植入术、肝脏良恶性肿瘤切除及射频治疗、胰十二指肠切除术、门脉高压症手术、肝包虫外壳剥离术、阴式微创手术-非脱垂子宫阴式切除术、绿激光治疗前列腺增生、等离子体低温组织消融术及髋、膝关节置换术、超声乳化加晶体植入术治疗白内障、特色中西医肛肠疾病的治疗、小儿麻痹矫治手术、冠状动脉搭桥术、心脏起搏器植入术、心脏瓣膜置换术、冠状动脉支架置入术、射频消融术、房间膈缺损封堵术、经尿道镜气压弹道碎石术、腹腔镜下交通支静脉结扎术、椎间盘镜微创治疗腰椎间盘突出症手术、静脉溶栓、动脉溶栓、缺血性卒中急性期病因诊断、临床分型及规范治疗、鼻窦内窥镜手术等一系列填补新疆空白的新技术、新项目。