乌鲁木齐市中医医院成立于1960年，经过几代中医人的努力，医院由小变大、由弱变强，现已发展成为集医疗、科研、教学、预防、保健、康复于一体的国家三级乙等中医医院，是新疆医科大学教学医院、乌鲁木齐地区中医适宜技术培训基地及自治区医保、兵团医保、兵团农十二师医保、铁路医保、乌鲁木齐市医保和所有商业保险定点医疗机构，一直保持“自治区级文明单位”的称号，连续多年获得医保、商保的先进集体。
乌鲁木齐市中医医院设总院和两个分院，总院（红山医院），分院（南门医院）（小十字医院）。南门分院位于解放南路金融一条街，小十字分院位于解放北路商业中心；总院和分院地理位置的绝对优势为医院的服务网络奠定了基础。
乌鲁木齐市中医医院现有职员536人，专业技术人员占85% ，副主任医师以上专家90人，开放一床位420张，年门诊量51万人次，年住院人数8000人。医院拥有CR、CT、腹腔镜、全自动生化分析仪、彩色多普勒、肿瘤微波治疗等先进检查设备。拥有全市最完备的制剂中心和康复辅助治疗室；到位的配套后勤保障服务系统，管理制度建全。
乌鲁木齐市中医医院坚持“以病人为中心，以质量为核心”，“以提高疗效为重点，以两个效益为目标”的办院方针，加大改革力度，更新观念，重视引进、培养人才，狠抓服务质量，始终把“扬中医之长、纳西医之优、仁智存心中，诚信求发展”的服务理念贯穿于医疗服务的全过程，赢得了患者的赞誉。
糖尿病专科是全国重点专科，心脑血管病专科、肛肠病专科是自治区级重点专科，同时开展了中医药对老年性疾病、精神病疾病、亚健康状态、养生康复的临床研究和治疗。
乌鲁木齐市中医医院1996年被评为“国家三级乙等中医医院”、1995年被乌鲁木齐市人民政府授予“科教兴市先进集体”、2000年被授权为“新疆医科大学教学医院”、2003年被中央乌市委员会、乌市人民政府、乌市警备区共同授予爱国拥民模范单位称号，2004年被评为自治区级文明单位，2003年、2004年、2007年被评为乌鲁木齐市卫生系统综合目标考核优秀单位。
乌鲁木齐市中医医院是区级医保、市级医保、兵团医保、铁路医保、兵团工一师、兵团农十二师、城镇居民医保、市（县）新农合等多家医保定点医疗机构；市级医保的工伤、生育保险定点医疗机构； 乌鲁木齐地区所有商业保险公司定点医疗机构； 自治区级医保信用支付单位； 市级、兵团农十二师医保慢病审批指定医疗机构。