第二代测序技术NGS将遗传学研究推上了新的台阶,其无与伦比的高通量,使多种应用得以实现。要完全享受这一技术带来的便利,我们就需要制备与测序平台相匹配的样品。为此人们开发了许多工具,如今,将原始DNA转化为NGS文库,已经变得越来越容易。
文库制备试剂盒
制备NGS文库需要先提取DNA样本,利用超声或酶将其片段化,通过琼脂糖凝胶或磁珠选择合适大小的DNA片段,对DNA片段末端进行修剪,并在3’端加上与测序仪相配的接头。这些接头还可以作为“条码”,实现多重应用。如今市面上有许多NGS文库制备试剂盒,能使上述工作变得更加简便。
尽管NEB公司并不生产二代测序仪,不过该公司开发了多种NGS样品制备工具,测序平台的NEBNext?系列产品。据NEB负责二代测序产品的Fiona Stewart介绍,NEBNext Ultra? DNA(或RNA)prep试剂盒不仅适用于低量样本,还能够处理福尔马林固定、石蜡包埋的组织FFPE。“人们越来越希望测序像FFPE这样富有挑战性的样本,我们针对这些困难样本,开发了可靠的制备方案,以帮助研究者们获得高质量的文库”Stewart说。
Illumina公司为NGS样品制备提供了两种选择,TruSeq试剂盒和Nextera试剂盒。TruSeq试剂盒能够帮助人们获得高质量的数据,达到理想的覆盖度。“TruSeq试剂盒能够为人们提供准确且可重复的结果,”Illumina的市场经理Daniel Peiffer说。TruSeq试剂盒中的接头支持多重应用,试剂盒还提供了筛选DNA片段的磁珠。近来这一产品线迎来了新成员:TruSeq DNA PCR-Free试剂盒和TruSeq Nano DNA试剂盒。
TruSeq试剂盒制备文库需要五到六个小时,而Nextera试剂盒的工作流程更为快捷,能够在90分钟以内生成完整的文库。Nextera试剂盒以一种转座酶为基础,能同时完成DNA的片段化和接头的添加,这一方案也被称为“tagmentation”。如果你需要快速完成大量样本的测序,那么Nextera试剂盒就是个不错的选择。Illumina公司也为RNA研究提供了相应的TruSeq试剂盒。在这种试剂盒的帮助下,研究者们不仅可以进行整个转录组的研究,还可以同时检测12至2,000个靶向基因的表达.