人体基因由30亿个碱基对组成，基因测序就是做纳米孔让30亿个碱基对排队通过。测定基因序列后，就能判断人的健康情况，判断疾病特别是遗传类疾病发生情况。第一代、第二代基因测序使用的都是化学方法。第一代基因测序方法历时12年、耗资数十亿美元。第二代测序仪让人类基因组重测序的费用降低到10万美元以下，测序时间也缩短到6个月。2006年启动的“第三代基因测序系统”研究则采用物理方法。

    东南大学机械工程学院副院长陈云飞：我们第三代，如果采用机械制造的方法，能够制造出一个小孔。它能够辨识出4种碱基的话，我们就可以把几十万个，几百万个的小孔就放到一个很小很小的硅片上面。一个小硅片就可能集成几万个甚至几十万个传感器。它们可以并行的工作，从而能够提高基因测序的速度，也大大降低了成本。

    目前，第三代基因测序研究已取得突破性进展。最终目标是人体全序列基因测序只要24小时、1000美元，届时通过一滴血就可以测序。