蛋白质C和蛋白质S为维生素K依赖的糖蛋白。二者的遗传性缺陷可导致凝血因子 Va 和凝血因子 VIIIa 的灭活受损，从而增加凝血酶产生。蛋白质 C 缺陷分为 I 型（数量不足）和 II 型（质量缺陷），但二者的血栓形成风险相似，不像抗凝血酶缺陷的血栓形成风险各类型间不同。

    蛋白质 S 缺陷同样也有 I 型和 II 型，尽管 II 型罕见。III 型蛋白质 S 缺陷以总蛋白质 S 水平正常但自由活性蛋白水平下降为特征，但有可能是由于使用敏感性较低的方法检测总蛋白 S 而未发现产生不足（I 型缺陷），因此错误地显示出正常水平。

    人群中约有 3% 会出现蛋白质 C 缺陷。估计蛋白质 C 缺陷出现 VTE 的风险位于凝血因子 V 基因 Leiden 突变和抗凝血酶缺陷导致 VTE 的风险之间。纯合子蛋白质 C 缺陷罕见，一般难以存活，通常表现为新生儿暴发性紫癜或脑静脉血栓形成，

    蛋白质 S 缺陷的患病率不详，估计约为 0.1%。蛋白质 S 缺陷相关的 VTE 风险未知，家系研究显示其风险与蛋白质 C 缺陷相似，但人群研究发现其风险较低。