直接途径：
T细胞识别同种异体移植抗原主要由俩种方式：1、由供体源性的APC递呈抗原的直接抗原识别途径。2、由受体自身APC递呈抗原的间接识别途径。而间接抗原识别途径不仅是急性排斥反应中的主要抗原识别方式，在移植物整个持续存活的慢性排斥反应过程中，依然是担忧识别任务的主要抗原递呈方式；直接识别途径主要在器官移植的早期免疫识别反应中起着作用，由于引发急性排斥反应的过路白细胞寿命有限，间接识别方式讲发挥越来越重要的作用。
受者T细胞可识别同种异体基因MHC，无需要者APC处理同种异性MHC，也无需自身MHCⅡ分子参与递呈。同种移植物中由于供者APC与受者T细胞之间MHCⅡ型别的不同，两者不能相互作用。
供着抗原胎即异型MHCⅡ类分子可能模拟受者抗原胎的结构。具有识别能力的同种抗原反应性T细胞并非独立的亚群，而与识别异源性抗原的T细胞存在交叉。
直接同种识别是发生移植排斥的重要机制。且最大可能以CD4+CTL直接介导，将APC去掉可降低移植物的抗原性，排斥反应显著减弱。若再要供体APC注入受体，会立即诱发强烈的供体排斥反应。
间接途径：移植物表面的MHC可从供着细胞的表面脱落，被受者的APC捕捉，加工处理和自身的MHCⅡ类分子一起提交给受者T细胞，诱发免疫反应。这种识别是手MHC限制的，自身的MHC提交异体MHC，诱发多克隆T细胞增殖。通过间接识别途径能激活CD4+T细胞发挥作用，主要诱导慢性排斥反应及同种异体抗体反应，通过分泌各种细胞因子为细胞毒性CD8+T细胞的增殖提供必要信号，从而导致同种异体排斥，同时还能捕捉B细胞诱发同种异体抗原抗体反应和抗体依赖的细胞毒作用。间接识别在诱导中枢耐受中也起着重要作用。
