格兰阴性杆菌细胞壁粘肽外层存在类脂双层组成的外膜，外膜上存在着多空蛋白。铜绿假单胞菌与外膜蛋白Opr缺少有关，使抗生素不易进入。铜绿假单胞菌失去外膜上的特意通道蛋白OprD导致对碳氢酶烯类药物。多粘菌素难以通过格兰阳性球菌的细胞壁，因此，革兰阳性球菌对多粘菌素耐药。

　　细菌对佛喹诺酮类抗菌药物的耐药性由染色体突变产生，存在两种不同的耐药机制：1、降低细菌DNA旋转酶亚基与药物的亲和力。2、形成通透屏障，降低对药物的通透性。在佛喹诺酮类抗菌药物之间存在普遍的交叉耐药性。通透屏障所致的耐药性也可造成与其他抗菌药物交叉耐药性。口服低剂量所致的低血清浓度能明显地产生铜绿假单胞菌、粘质沙雷菌、表皮葡萄球菌和金黄色葡萄球菌的耐药VRE.

　　mrsa耐药机制是细菌产生一种特殊的青霉素结合蛋白PBP2a降低了与β内酰胺类抗生素的结合力。PBP2a由McaA基因编码。