肝脏移植术几乎很少有绝对的禁忌证。严重的全身状况，如果高度怀疑患者耐受手术的应激能力，估计寿命不会有显著延长，或者不会提高生活质量，也不能经内外科纠正者，可能不宜做肝脏移植术。不能控制的肝外或胆管败血症，急性血液动力学不稳定伴其他重要器官损害，肝外的或转移性癌，不能逆转的脑损害或神经功能障碍和会干扰患者为遵守必须的内科治疗能力的行为或精神病史，都是肝脏移植术的禁忌证。

　　自发性细菌性腹膜炎应治疗至少48h，最好在移植前7d开始。以往认为老年人是肝脏移植术的禁忌证，但1991年Stiber报道60岁以上患者肝脏移植术获得良好的效果。在匹兹堡接受肝脏移植术时最大年龄为76岁，至报道时已81岁还健康存活。人类免疫缺陷病毒(Human immunodeficiency Virus;HIV)阳性者，因肝脏移植术后与艾滋病有关的病死率高达37%，所以，目前仍认为是肝脏移植术的相对禁忌证。肝外门静脉和下腔静脉血栓亦应作为相对禁忌证。胆管癌的患者，由于移植后癌肿的复发几乎不可避免，所以也应严格掌握。