移植后宿主和移植物二者共存，而且没有明显的临床症状，这种现象叫做免疫耐受。在发生耐受作用的状态下，移植物对宿主耐受，宿主也对移植物耐受，形成嵌合体。在骨髓移植中，如果没有出现移植物抗宿主病的患者，可以逐步停止使用免疫抑制药物而维护正常的造血功能，这时可在患者的血循环中找到宿主和供者的细胞。

　　移植后耐受作用是否能建立，取决于：1、供受者间HLA配合的程度;2、对细胞毒效应细胞的易感性;3、细胞因子的水平;4、免疫抑制治疗的方法;5、各种抑制细胞的作用。

　　如何诱导并维持耐受作用对移植成功与否至关重要。在骨髓移植中主要从去除宿主或者供者骨髓中的T淋巴细胞、活化抑制细胞等方面考虑。在肾移植中移植前输血可以诱导宿主对移植的耐受。同时也发现接受来自同一供者肾和骨髓的受者，可以产生对肾的耐受。在动物实验中发现，肾移植受者在移植前接受供者的可溶性MHC-I类抗原，可以对以后的移植物免疫反应。除了使用这些整个分子的抗原之外，使用人工合成的肽，对应MHC分子的某些活性区，也可以诱导产生耐受作用。