T细胞识别同种异体移植抗原主要有两种方式：一是由供体源性的APC递呈抗原的直接抗原识别途径，二是由受体自身APC递呈抗原的间接识别途径。

　　间接抗原识别途径是急性排斥反应中的主要抗原识别方式，在移植物整个持续存活的慢性排斥反应过程中，也是担当抗原识别任务的主要抗原递呈方式，在直接识别途径主要在器官移植的早期免疫识别反应中起作用，由于引发急性排斥反应的过路白细胞寿命有限，间接识别方式将发挥愈来愈重要的作用。

　　受者 T 细胞可识别同种异体基因MHC ，无需受者APC处理同种异型MHC，也无需自身 MHC分子参与递呈。同种移植物中由于供者APC与受者T细胞之间MHC II型别的不同，两者不能相互作用。供者抗原肽即异型MHC II类分子可能模拟受者抗原肽（异型 MHC II类分子）的结构。具有识别能力的同种抗原反应性 T 细胞并非独立的亚群，而与识别异源性抗原的 T 细胞存在交叉。

　　直接同种识别是发生移植排斥的重要机制。且最大可能以 CD4+CTL 直接介导，将APC去掉可降低移植物的抗原性，排斥反应显着减弱。若再将供体 APC 注入受体，会立刻诱发强烈的供体排斥反应。

　　移植物表面的MHC可从供者细胞的表面脱落，被受者的APC捕捉，加工处理和自身MHC II类分子一起提交给受者T细胞，诱发免疫反应。这种识别是受MHC限制的，自身MHC提交异体MHC，诱发多克隆T细胞增殖。通过间接识别途径能激活CD4+T细胞发挥主要作用，主要诱导慢性排斥及同种异体抗原反应，通过分泌各种细胞因子为细胞毒性CD8+T细胞的增殖提供必要信号，从而导致同种异体排斥，同时还能辅助B细胞诱发同种异体抗原反应和抗体依赖的细胞毒作用（ADCC），间接识别在诱导中枢耐受中也起重要作用。