与同种移植相比，异种移植临床实践无疑要复杂和困难得多。这主要受如下几个方面的影响：

　　1、病毒携带和疾病传染的问题

　　已知大约有150种感染源可以从动物传染给人。病毒感染是异种组织脏器移植的最大危险。因此，必须建立严格的动物筛选系统和生物制品的制作程序。SA8、巨细胞病毒、EB病毒在狒狒很常见。几乎没有哪个灵长类不带有这3种病毒。与人类的HIV相对应的SIV可以在某些猴体中发现，但在狒狒并不常见。目前尚不清楚SIV等病毒是否能引起人类疾病。

　　2、动物保护组织的反对

　　在国外，开展动物器官的临床应用或动物间异种器官移植研究是一项很严肃的问题，尤其是用灵长类时常遭到动物保护组织的攻击。其原因在于灵长类数目有限，适合作供体的数目更为有限。相比其他动物而言，猪是最具有吸引力的动物。因为猪不仅价格便宜、繁殖快、饲养和管理容易，而且可在无菌条件下生长；同时猪的皮肤和肾脏等器官的大小、解剖、生理和生化代谢等也与人类较为接近；在不久的将来，选择猪作为供体公众易于接受，较少受到动物保护组织的抗议。这是近年来多数学者主张将猪作为发展目标的主要原因。

　　3、转基因动物的担忧

　　降低异种排斥反应的转基因猪的研究思路正在部分实验室按计划实施中，预计在不久的将来能应用于临床。有实验显示，转基因猪心脏移植给猴在常规免疫抑制治疗的保护下至少可以存活80d。1995年7月美国食品和药品管理局（FDA）已经批准，可以使用经过基因工程处理的猪肝脏对人进行移植。然而，转基因工程是否会产生人类难以相敌的怪物尚难以预料。

　　4、生物学和医学伦理学

　　异种移植成活后的生理学问题可能最为公众和医学专业人员所关注。首先，异种器官是否能完全替代其功能？其次，异种器官是否将动物属性或习性传染给人？这些都是亟需解决的问题。