毛囊本身的结构十分复杂。一个完整的毛囊包括真皮部分（真皮乳头层及真皮鞘）及表皮部分（至少包括7种不同的细胞系，有内根鞘、鞘小皮、毛发皮质和髓质）。由角质形成细胞构成的内外根鞘包裹着毛干，皮脂腺开口于毛囊的上段，毛囊及其附属的皮脂腺共同构成一个毛囊皮脂腺单位。毛囊的发生发展可分为3个阶段即：进化期、退化期及静止期。一般认为，进化期受成纤维细胞生长因子信号的刺激而启动，进而随着基质细胞增殖能力的减弱而过渡到退化期，在退化期毛干长度不再伸长且毛囊下段开始退化，至静止期毛囊不再出现形态上的任何变化。

　　毛囊的生长具有周期性，而毛囊真皮细胞成分在诱导和维持毛囊的生长、再生以及毛干增长方面具有很重要的调节作用，因而毛囊是一个研究真皮细胞与表皮细胞间相互作用的良好模型。

　　毛囊干细胞的定位目前普遍认为是毛囊上段的隆突区。毛囊干细胞是毛发中角质形成细胞的原始细胞，其分化过程经历毛囊干细胞、短暂扩增细胞和有丝分裂后分化细胞3个阶段。毛囊干细胞在光镜下呈立方形，细胞体积小，核浆比大，表面光滑，皱折少，又被称为非锯齿形细胞。细胞的超微结构显示胞浆内含有大量的游离核糖体而缺乏角蛋白纤维，细胞表面存在少许微绒毛，细胞核有卷曲，染色质分布弥散，明显不同于周围的细胞，这些形态均表现出原始细胞的特征。

　　毛囊干细胞具有慢周期性，在体内多处于静止状态，而在体外培养或内环境作用下则表现出惊人的增殖及克隆形成能力，可通过不断的有丝分裂及分化来维持组织在细胞数量和功能上的稳定。