理论上干细胞能够为组织工程提供取之不尽的“种子细胞”，目前的研究主要集中于干细胞体外扩增的方法、干细胞的定向分化、分化后细胞的纯化，其研究的目标是确保没有残留的致癌可能性，且移植的组织细胞可代替病损组织。

　　无论是组织细胞还是干细胞治疗，都已经向世人展示了其优势，但目前要使细胞治疗达到更好的临床效果，或完全再生一个新的组织或器官还存在很大困难，主要存在以下问题：

　　1、对细胞的安全性研究存在局限性

　　细胞获取后的大量扩增、干细胞的定向诱导分化常需添加外源性物质，其安全性研究还停留在细胞水平，其是否会引起基因水平的改变尚未引起足够的重视。

　　2、细胞治疗效率的相关问题

　　无论是组织细胞或干细胞，不管通过什么途径注入体内，需要与受体组织细胞黏附、融合，才能发挥功能，但注入细胞与受体组织融合率极低，在心肌大约为7%，而且注入心肌的细胞能否转化为心肌细胞至今尚在争论中。因此，如何提高细胞治疗的效率是尚待研究的问题。如果采用静脉或动脉途径注射细胞，还需研究其靶向性。

　　3、同种异体细胞移植的特点

　　同种异体细胞移植具有来源广泛、获得容易记可以库存备用进行群体化治疗的优点，但必须克服其免疫排斥反应。