脑死亡和活体两种不同来源的器官由于本身免疫状态不同，而导致移植后出现互不相同的免疫现象，直接影响移植物存活。根据多个中心的研究表明，脑死亡者供器官移植发生急性排斥反应的几率大于活体器官移植，而早期发生急性排斥反应无疑会对移植物的长期存活产生不利影响。对活体供者而言：

    1.在切取器官之前，机体内环境相对稳定，没有儿茶酚胺类物质一过性增高引起的脏器缺血缺氧损害，同时也不存在缺血在灌注损伤的问题；

    2.机体内激素水平基本正常，一方面保证了细胞正常能量代谢，另一方面减少炎性因子的释放；

    3.机体的免疫系统处于正常状态， 切取器官中无淋巴细胞浸润，无明显炎性因子表达。

    而从脑死亡供体的情况来看，组织器官内有大量淋巴细胞浸润，细胞因子、粘附分子MHC-II类分子表达上调，这些因素使得器官在移植前就已经处于免疫激活状态，而血管内皮细胞受损，表达新的抗原，成为术后发生排斥反应的重要危险因子。这已经在动物实验中得到证明。

    在大鼠脑死亡的心脏移植模型中可以观察到移植后6小时，移植心内有大量中性粒细胞和少量单核细胞浸润，同时肿瘤坏死因子－α(TNF-α)、白细胞介素－1β(IL-1β)和巨嗜细胞炎性蛋白－2(MIP-2)表达增高；移植后3天，移植心内大量淋巴细胞浸润，血管细胞粘附分子－1(VCAM-1)、细胞间粘附分子－1(ICAM-1)、TNF-α、IL-1β、MIP-1α以及单核细胞趋化蛋白－1(MCP-1)表达上调；移植后第7天，移植心内以巨嗜细胞和T细胞浸润为主，与之相关的细胞因子表达增多。而在大鼠活体心脏模型中，移植6小时后，用免疫组化技术检测，未见明显改变；移植3天后，移植心内有少量单核细胞浸润；移植7天后，移植心内可见T细胞和巨嗜细胞浸润，而表达的IFN-γ和TNF-α呈灶状分布。

    通过对无心跳供体、脑死亡供体（即有心跳供体）和活体三种不同来源的器官移植进行比较可以看出，来源于脑死亡者的器官经移植后，其近期移植物功能恢复较无心跳供体好，但两者在移植物的远期存活率上无明显差异。而活体器官移植无论是近期急性排斥反应的发生，还是远期移植物存活情况均好于脑死亡供体。