中国科学院遗传与发育生物学研究所（简称：遗传发育所）最早成立于1959年。2001-2003年，由原中国科学院遗传研究所、发育生物学研究所及石家庄农业现代化研究所整合而成。现任所长杨维才博士。
目前，共有82个研究组，职工501人。其中院士3人，国家“千人计划”3人，“青年千人计划”5人，中科院“百人计划”42人，“973”等国家重大项目首席科学家21人，“国家杰出青年科学基金”获得者30人，国家基金委“创新研究群体”4个。设有遗传学、发育生物学、细胞生物学、植物营养学、生态学和生物信息学六个理学专业的硕士、博士学位培养点，植物营养学和作物遗传育种两个农学专业的硕士学位培养点以及生物工程一个专业学位硕士培养点，以及博士后流动站。目前在读研究生680名，其中博士生490名、硕士生190名。在站博士后122人。
遗传发育所面向我国农业和人口健康的重大战略需求和生命科学前沿，重点开展基因组结构与调控规律、细胞发育分化分子机理、重要农艺性状分子解析、农业生态可持续发展、前沿学科交叉领域的研究，揭示水稻、小麦等基因组表达调控规律、阐明细胞分化的分子机制和建立新的品种设计理论与技术体系，为解决遗传与发育生物学领域重大科学和技术问题做贡献。
研究所下设基因组生物学、分子农业生物学、发育生物学、分子系统生物学和农业资源5个研究中心。拥有植物基因组学、植物细胞与染色体工程、分子发育生物学3个国家重点实验室、中国科学院农业水资源和河北省节水农业2个院省级重点实验室、河北栾城农田生态系统国家野外观测试验站，是国家植物基因研究中心（北京）的依托单位，设有栾城农业生态系统试验站、南皮生态农业试验站、太行山山地生态试验站、海南陵水南繁育种基地。
遗传发育所分别在江苏扬州、浙江嘉兴、新疆石河子、天津、青岛等地建立了8个以水稻、小麦、棉花、蔬菜等为重点研发对象的分子育种联合中心；在黑龙江哈尔滨建立了中科院北方粳稻分子育种联合研究中心；在天津和呼和浩特建立了大动物（奶牛）育种基地；在海南陵水、河北赵县建立了作物繁育基地；与沈阳军区合作建设新民、老莱、盘锦育种基地。
在国际合作方面，研究所与英国利兹大学、澳大利亚阿德莱德大学、新西兰梅西大学、日本奈良先端科学技术大学和日本农业生物资源研究所等多国的研究所、大学，在前沿科学研究、双边学术研讨、建立联合研究中心、互派高级学者和优秀研究生等方面开展深层务实合作；研究所分别与先正达生物技术公司和杜邦先锋公司开展合作研究。
2016年，遗传发育所共发表SCI论文342篇，总影响因子1440，单篇影响因子5.8；获得专利授权46项；审定作物新品种17个。获国家自然科学二等奖1项，获省部级科技奖7项。“植物雌雄识别分子机制”和“寨卡病毒小头畸形致病机制”两项成果入选中央电视台科学大事记。“子宫内膜修复材料功能化技术改进”、“嘉优中科6号”等24项成果成功转化，取得了良好的社会效益和经济效益。
