首都医科大学附属北京友谊医院原名为北京苏联红十字医院，始建于1952年。是新中国成立后，在苏联政府和苏联红十字会援助下，由中国政府建立的第一所大医院。1954年，医院从甘水桥旧址迁入现址。毛泽东主席、刘少奇副主席、周恩来总理、朱德委员长特为医院亲笔题词。1957年3月，苏联政府将医院正式移交我国，周总理亲自来院参加了移交仪式。1970年，周总理亲自为医院定名为“北京友谊医院”。
医院占地面积9.4万余平方米，建筑面积19.4万平方米。全院现有职工2800余人，其中具有正副主任医师、正副教授、研究员及相应职称的高级技术人员近400人。医院设有临床及医技科室43个。日门诊量8000人次左右，年出院41000人次左右。现有编制床位1256张。医院是首批北京市基本医疗保险A类定点医疗机构，全市患者均可来院参保就医，并能够为外宾和来自全国各地的患者提供服务。2009年8月正式启用的医疗保健中心是集门、急诊、住院、检查于一体的医疗保健服务中心，配有国内最先进的医疗设备和信息系统，承担着北京市及中央司局级以上8000多名医照人员、保健对象的医疗保健任务。
医院设有北京市临床医学研究所、北京热带医学研究所、北京市中西医结合研究所和北京市卫生局泌尿外科研究所，拥有一批学科带头人和技术骨干。胃肠肝胆胰疾病诊治、泌尿系统疾病诊治和肾移植、热带病和寄生虫病诊治以及中西医结合是医院的四大专业特色。内科学（消化系病）、影像与核医学两个学科是国家重点（培育）学科；消化内科、临床护理、地方病（热带医学）、普通外科、重症医学科获批国家临床重点专科。医院还被确定为北京市消化内镜质量控制和改进中心、北京市护理质量控制和改进中心、北京市重症医学质量控制和改进中心以及北京市麻醉质量控制和改进中心。在保持综合优势的基础上，医院突出特色，打造优势学科群。在北京市卫生系统率先成立了跨学科、跨专业的疑难病综合会诊中心；发挥强强联合优势，成立了以消化内科、普外科、肝病中心为龙头的北京市消化疾病中心，在诊治消化急危疑难重症方面处于国内领先水平；成立了心血管内、外科合并模式的心血管疾病诊治研究中心，开辟了挽救急性心肌梗塞患者生命的绿色通道。
医院承担了九五、十五、十一五攻关（支撑）课题、973、863、国家自然科学基金、卫生部公益性项目和市级课题，并担负着世界卫生组织在寄生虫、麻风病等方面课题的研究工作。近20年来，先后获国家级、部级、市级、局级科研成果奖400余项。
医院是首都医科大学第二临床医学院，是培养高层次医学人才的临床教学基地。首都医科大学消化病学系、肾病学系、泌尿外科学系、中西医结合学系和普通外科学系等5个学系挂靠医院，承担着本专科生、研究生、住院医师培训及全员继续教育、成人学历教育任务。拥有15个卫生部认可的住院医普通专科培训基地、9个亚专科培训基地。是国家执业医师资格技能考试基地，北京市社区护士和全科医生技能考试基地，是北京市三个临床技能中心挂靠单位，承担着卫生局住院医师规范化培训阶段考核任务，承办多项国家级继续教育和师资培训项目。目前拥有硕士培养点32个、博士培养点15个，现有研究生导师90余名；教授、副教授近140名。有多名教授在国际医学专业学会任职，有20余名教授在中华医学会各专业学会、北京分会以及国家级杂志担任副主委以上职务。
医院积极开展多渠道、多领域的国际交流合作。先后与美国、日本、韩国、丹麦、俄罗斯等国家和地区的医疗机构建立了友好合作关系，派出各专业人员出国深造。设立李桓英基金会资助青年骨干出国研修项目，促进了医院学术水平的提高。
医院曾被授予全国先进基层党组织、全国“三八”红旗集体、全国模范职工之家、多次被授予首都文明单位标兵等光荣称号。
医院成立60年来，得到了各级领导的支持鼓励与悉心指导，也牢记着党中央和老百姓的殷切希望与盈盈嘱托。几代友谊人实践着“仁爱博精”的友谊精神，不断开拓创新，奋力拼搏。2011年4月25日，中共中央政治局常委、国务院副总理李克强来到医院视察和调研医改工作，对医务人员积极投身医改的做法给予了充分肯定，对医务人员无私的奉献精神给予了高度评价，并做出重要指示，宣布友谊医院为全国及北京市的公立医院试点改革重点、试点单位。在推进和深化医疗体制改革的进程中，今天的友谊人将以更高的起点和崭新的精神风貌，团结协作，与时俱进，勇于担当，继续前行，以高超的医术和无私的爱心，努力攀登医学科学高峰，逐步向“综合优势明显，专科特色突出，国内一流、国际知名的大学医院”的目标迈进，开创北京友谊医院更加美好的未来，为首都医药卫生事业的发展做出新的更大贡献！
普外科由肝胆外科、乳腺甲状腺外科和胃结肠外科三个病区组成，每个病区床位35张，共105张床位。共有专业技术人员近100人，其中高级技术职称20余人，博士研究生导师4人，硕士研究生导师5人，享受国务院颁发的政府特殊津贴专家2人。在普外科学科及学术带头人、中国著名外科专家王宇教授和现任科主任张忠涛教授的带领下，普外科学科发展水平始终处于全国领先位置，一些临床技术和科研成果处于国际领先地位。年门急诊量8万人次，年手术量2500余台。其中肝胆外科病区，专门收治肝胆外科病人，这是在国内最早成立的肝胆外科专业病房之一。
原科主任为王宇教授，作为学科带头人现为博士及博士后导师，任中华外科学会委员、中华外科学会“门静脉高压症”学组副组长、北京医学会常务理事、北京医学会外科学会委员、北京医学会组委会委员、北京医学会“临床营养学学会”副主委等职。现科主任张忠涛教授，主任医师、教授、博士导师，1987年毕业于首都医科大学，曾在日本关西医大医院肝胆外科研修。善长肝、胆、胰、脾外科，肝脏移植，及胃癌及结直肠癌的手术治疗。
普外科现为博士后流动站，博士及硕士培养点，拥有博士生导师3人，硕士生导师5人，培养了博士后研究生1人，博士研究生10人，硕士研究生30余人，科内具有高级职称医务人员15名，形成了结构合理的人才梯队。
经过四十余年的不断发展和积累，普外科在医疗、科研和教学方面已经具有了很强的综合实力、对于一些疾病的诊治和研究形成特色，在国内外居于领先地位。
肝胆外科专业
对于肝硬变、门静脉高压症的外科治疗和基础研究一直是普外科四十余年来的重点课题，率先提出和应用“限制性门腔静脉侧侧分流术”治疗该病，并通过实验和临床研究不断对其进行改良和完善，目前采用的主要术式为“附加限制环的限制性门腔静脉侧侧分流术加肝动脉强化灌注术”，其特点是控制出血效果好，复发出血率低，术后肝脏功能损害较轻，脑病发生率低。对该病的研究成果共获得国家、北京市和卫生局科研成果奖十余项，发表专著6部、论文100余篇，获国家自然科学基金3项，北京市自然科学基金2项，北京市优秀学科发展基金1项。
对于胰腺恶性肿瘤和慢性胰腺炎的治疗有独到之处。应用“胰十二指肠切除术”治疗壶腹周围恶性肿瘤是一种较高难的手术，科室在国内率先提出“固定术式、固定术者”以尽可能的减少并发症，通过努力，科室这一手术在手术效果和降低术后并发症方面均居国内领先地位。目前正在承担国家十一五规划支撑课题《胰腺癌综合治疗》。
原发性肝癌在中国发病率极高，且多数病人为中、晚期病人，科室采用包括手术切除、区域性化疗、冷冻治疗和免疫治疗在内的综合治疗措施，使病人的生存期显著延长。
微创治疗胆囊炎、胆囊结石、胆总管结石，形成了特色。目前超过95%的胆囊炎、胆囊结石手术通过腹腔镜完成，病人术后第1-2天内出院，超过90%的胆总管结石手术通过腹腔镜联合胆道镜完成，避免了开腹手术，特别是避免了病人术后带T管，术后第1-2天内即可出院。2008年5月完成了亚洲第一例经脐单孔腹腔镜胆囊切除术，目前该技术已在临床广泛开展，该技术的成功开展标志着中国腹部手术已经进入无瘢痕手术时代。
对于复杂的医源性胆道损伤和狭窄的修复和胆道重建是胆道外科较为棘手的问题，科室在这方面积累了丰富的经验，并通过动物和临床研究创用了牛心包补片胆道成形术。
胃肠外科专业
对于胃肠道肿瘤的治疗，实现了真正意义上的以手术为主的综合治疗，根据患者病情，采用国际公认的规范的个体化治疗方案。
胃癌的根治手术采用先进规范的淋巴结清扫术式，结合术前和术后的辅助化疗以及腹腔热灌注化疗，使胃癌患者的术后远期生存率达到国内先进水平，目前正在承担国家十一五规划支撑课题《胃癌综合治疗》。
80%以上的结直肠癌患者通过腹腔镜完成根治手术，损伤小、恢复快，结合术后规范的辅助化疗使结直肠癌患者的术后远期生存率达到国内先进水平，对于低位直肠癌患者，通过术前术后的辅助放化疗，大大提高了直肠癌患者的保肛率，目前作为牵头单位正在进行“结直肠癌腹腔镜与开腹手术的多中心随机对照研究”。
胃肠内外营养是近年来临床医学的重大进步，科室在国内最早开展和应用了这一技术，目前在实验研究和临床应用方面均居国内领先地位。
乳腺甲状腺外科专业
对于乳腺癌的治疗，实现了真正意义上的以手术为主的综合治疗，根据患者临床特点和生物学特性，采用国际公认的规范的个性化治疗方案。
符合条件的患者通过新辅助化疗，使肿瘤缩小实现降期，使原本失去手术时机的患者重新获得手术治疗机会，也使中、早期的乳癌患者得以选择保乳手术治疗，使患者的身心均得到康复。乳腺癌改良根治术后乳房再造手术的开展，满足了患者需求，提高了生活质量，使这部分患者能够很快融入社会生活。
纤维乳管镜诊疗技术使乳管内微小病变的早期发现、乳头溢液原因的鉴定成为可能，为那些体表不可触及肿物的患者提供了早期诊疗方法。
乳腺肿物微创旋切手术治疗，定位准确、创伤小、外表美观，为患者提供更精准的治疗服务。
在乳腺疾病治疗上采用综合性的个性化治疗方案取得较好疗效，处于国内领先地位。
在甲状腺疾患治疗方面，除常规甲状腺次全切除术、甲状腺癌根治术、颈淋巴结清扫术等治疗方法外，还开展了腔镜下甲状腺次全切除术，既达到治疗效果，又满足了患者的美容要求。
日间疝手术
对于疝疾病的治疗，普外科在国内率先开展了日间手术治疗模式，疝疾病患者当日来院、当日手术、当日回家，损伤小、痛苦轻、恢复快，避免了等床住院、家属陪护等等负担，且费用低廉。目前已完成日间疝手术1000余例，全部病人恢复良好，未出现并发症。
与美国TRABUCCO疝治疗中心合作成立了“中国TRABUCCO疝修复技术交流培训中心”。
