医院除率先成立的感染科、肝科、肺科等临床特色专科外，还设有妇产科、泌尿外科、心胸外科、神经外科、肝胆外科、普外科、骨科、心内科、消化内科、神经内科、内分泌科、呼吸内科、眼科、耳鼻咽喉科、口腔科、儿科、中医内科、针灸伤骨科、急诊科等多个临床专科。感染科为江苏省省级临床重点专科；肝病科、眼科、耳鼻咽喉科为江苏省中医临床重点专科；肝病科、肺科、检验科、麻醉科、肝胆外科为常州市临床重点专科，肝病科为常州市重点学科，检验科为常州市级重点医学实验室，并首批通过卫生部临检中心的验收。