焉耆县人民医院始建于1952年12月，是一所集医疗、教学、康复、保健、社区服务为一体的二级甲等综合医院。医院占地总面积37000平方米，建筑面积28600平方米，其中医疗用房14770.47平方米，绿化面积已达65%以上。目前编制床位300张，固定资产5500万元。现有职工464名，其中在编职工291名，聘用职工173名，主任医师职称7名，副主任医师职称29名，中级职称58名，研究生学历4名，大学本科生60名，大学专科生125名。 
焉耆县人民医院设有内一科、内二科、内三科、外一科、外二科、妇产科、儿科、眼科、耳鼻喉科、口腔科、皮肤肛肠科、急诊科、手麻科、药剂科、功能科、放射科、检验科、病理科等20个临床、医技、门诊科室和三个社区卫生服务站，并设有党政办公室、医务科、护理部、感染管理控制科、病案室、财务科、科教科、网络室、后勤服务科等十个职能科室。
焉耆县人民医院拥有先进的双排配置西门子螺旋CT机、西门子乳腺机、美国GE数字化B超诊断仪、美国产顺康前列腺三晶片气化电切镜、腹腔镜、美国史乐辉关节镜、意大利产HD113D成像超声诊断系统、意大利产移动式X光机、意大利产C型臂(带数字减影)、意大利产直接数字化X线摄影系统（DR）、GE500mA X光机、日立7080、7020全自动生化仪、24小时动态心电图、日产胃镜、血液透析机、体外碎石机、高压氧舱、鼻窦镜等大型医疗设备150余台（件）。先进的医疗设备为疾病的诊断提供了依据，促进了医疗技术水平的提升。目前我院已自行开展胸腰椎爆裂骨折经前路、后路椎体次全切椎管减压植骨内固定术、复杂四肢及骨盆骨折手术、关节镜下行半月板切除成形术、高血压脑出血立体定向钻孔引流术、脑积水腹腔分流术、脑胶质瘤及大脑凸面脑膜瘤切除术、腹腔镜下行胆囊切除术、小儿疝疝口关闭术、阑尾切除术、经后腹膜肾囊肿去顶减压术，经尿道前列腺汽化电切术、消化及泌尿系各种癌症根治术、卵巢囊肿剔除术、子宫肌瘤挖除术、子宫全切术、立普刀及宫腔镜手术、白内障摘除加人工晶体植入术、上睑下垂矫正术等手术，在开展微创手术方面名列全疆县级医院前列。同时，与专家合作开展了人工全膝关节置换术、关节镜下行前后交叉韧带重建术、骨巨细胞瘤切除人工植骨融合术、甲状腺腺叶全切及根治术、经输尿管镜气压胆道碎石术、食道癌根治术、宫颈癌及卵巢癌根治术、鼻窦镜行鼻甲部分切除术、鼻中隔矫正术、上颌窦开创引流术等具有三甲医院医疗技术水平的高难度复杂手术，在骨科、神经外科、肝胆外科、泌尿外科等学科领域走在了全疆县级医院的前列。