克隆ES细胞是ES细胞和克隆技术相结合的产物。ES细胞虽然有分化成所有其他种类细胞的潜能，但是，把如此得到的细胞移植到患者体内会发生排斥反应。这是因为，用来制造ES细胞的原来的胚胎所携带的遗传信息与患者的遗传信息并不相同。解决这个难题的出路，就是应用克隆技术。

　　制造克隆ES细胞的方法与制造ES细胞不同，利用的不是胚胎，而是没有受精的卵子。先将一个卵细胞摘除细胞核，然后再把从患者体细胞取出的细胞核移植到这个除去了细胞核的卵细胞内。然后，对这个置换了细胞核的卵细胞施加电刺激，不久，这个卵细胞便开始分裂，逐渐成长为胚胎。这样得到的胚胎是与患者具有同样遗传信息的“克隆胚胎”，利用这种胚胎制成的ES细胞就是克隆ES细胞。把由克隆ES细胞制得的细胞、组织或者器官移植到患者体内，自然不会发生排斥反应。

　　不过，制造克隆ES细胞在技术上极其困难。制造老鼠的克隆ES细胞已属不易，而制造人的克隆ES细胞就是难上加难。例如那个谎称自己成功制造出人体克隆ES细胞论文的研究者，经后来的调查表明，他总共使用了多达2000多个卵子，最后仍然没有成功。

　　此外，制造ES细胞或者克隆ES细胞还不得不涉及敏感的伦理问题。不少人从伦理角度强烈反对这种方法，他们认为，无论制造ES细胞还是制造克隆ES细胞，都是在“伤害”作为“生命萌芽”的卵子。