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“Barcode”+“微流控”显著提升基因组组装效果
时间:2018-05-29 14:44:18  作者:editor  来源:网络
10X Genomics平台基于微滴的核酸标签分配系统,该系统提供了数以百万级的携带唯一DNA标签编码(Barcode)的微滴

  10X Genomics平台基于微滴的核酸标签分配系统,该系统提供了数以百万级的携带唯一DNA标签编码(Barcode)的微滴,不同的微滴所携带的Barcode不同,通过其独特的微流控技术,将利用微滴将Barcode分配给不同的DNA段,然后对每个微滴内的特定barcode序列和DNA序列进行二代测序,从而通过Barcode信息指导后续基因组的组装。


  发表在Genome Research上的研究,利用10X Genomics组装了7个人的基因组,每个样品仅需1.25ng DNA,构建1个文库,测序深度56X。其结果Contig N50 > 106kb,Scaffold N50 > 15Mb,并对基因组进行了Phaseblock N50 : 2.7 ~ 9.3Mb。大跨度 linked-reads 为 Contig 准确组装成 Scaffold 提供充分支持,因此与常规二代测序相比,10X Genomics构建基因组指标更高,质量更好。相对于三代测序和光学图谱,成本超低,10X Genomics 仅需构建一个文库。相对于三代测序和光学图谱,成本超低,10X Genomics 仅需构建一个文库。来自约翰霍普金斯大学医学院的研究团队利用10X Genomics构建了僧海豹的基因组,同时也用常规二代构建其基因组。10X Genomics组装版本scaffold N50高达22.23Mb,加入BioNano提升后,scaffold N50更是提高到29.63Mb,为常规二代版本的215倍,几近染色体水平。对三个版本得到的基因组所有序列长度进行统计比较发现,10X Genomics组装版本序列长度远高于常规二代版本。10X Genomics官方对部分物种基因组进行了组装,contig N50均在80kb以上,除辣椒(基因组较为复杂)外其余物种scaffold N50均在10Mb以上,该结果完全可以替代现有的二代常规测序!博奥晶典的测试结果显示,10X Genomics组装基因组的指标远高于常规二代,某鸟类和某哺乳动物10X Genomics组装版本均是常规二代版本的5.5倍!

  博奥晶典项目经验丰富,目前为国内10X Genomics服务商基因组项目最多的公司。

关键字:携带唯一DNA标签编码(Barcode)的微滴
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