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新型工具诞生,开创基因编辑新时代
时间:2022-06-09 09:41:20  作者:lfy  来源:生物谷
再生医学网获悉,近日,来自韩国大田的基础科学研究所基因组工程中心的研究团队开发了一种可编程工具,并将其称为转录激活因子样效应子相关脱氨酶。
  基因编辑是一项全新的技术,它的出现,彻底颠覆了人们对于医疗的想象。通过对基因的编辑,以往难以治疗的遗传性和恶性疾病纷纷迎来了“转机”。但与此同时,基因编辑工具缺乏的问题也逐渐浮出水面,令无数科学家为之感到头痛。
  再生医学网获悉,近日,来自韩国大田的基础科学研究所基因组工程中心的研究团队开发了一种可编程工具,并将其称为转录激活因子样效应子相关脱氨酶。这一发现是长达数十年治愈人类遗传疾病之旅的结晶,为治愈多种线粒体遗传病带来了新的生机。相关研究成果发表在Cell期刊上。
  “基因剪刀”的魔力与缺憾
  虽然基因编辑技术在细胞核基因组取得了巨大成功,但科学家们在编辑具有线粒体基因组方面一直没有突破性成果。
  线粒体,即所谓的“细胞发电站”,是细胞中的微小细胞器,可作为能量产生工厂。由于它是能量代谢的重要细胞器,如果基因发生突变,就会导致身体出现与能量代谢相关的严重遗传疾病。
  另一种与线粒体基因相关的疾病是线粒体脑肌病(MELAS),这种疾病伴有乳酸酸中毒和中风样发作的症状,这种疾病会缓慢地破坏患者的大脑。有研究甚至表明,线粒体DNA异常也可能是阿尔茨海默病和肌肉萎缩症等退行性疾病的诱因。
  人类线粒体基因组属母系遗传,线粒体DNA中有90种已知的致病点突变,5000人中至少有1人会受影响。受线粒体传递方式的限制,许多现有的基因组编辑工具都无法使用。例如,CRISPR-Cas平台并不适用于编辑线粒体中的突变,因为引导RNA本身无法进入细胞器。
  TALED线粒体编辑新技术堪比诺奖级别的成果
  2020年,由哈佛大学布罗德研究所和麻省理工学院的David R.LIU领导的研究团队创建了一种新的碱基编辑器——名为DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器(DdCBEs),可以在线粒体中的DNA进行C-to-T转换。
  这是通过创建碱基编辑的新基因编辑DdCBEs技术实现的,该技术在不破坏DNA的情况下将单个核苷酸碱基转换为另一个碱基。
  然而,这种技术也有其局限性:它限于C-to-T转换,还限于TC基序,它的功能仅能做TC-TT碱基转换器。这意味着它只能纠正90个确认的致病性线粒体中的9个点突变。一直以来,人们甚至认为线粒体DNA难以实现从A到G的转换。
  论文的第一作者CHO Sung-Ik说:“我们开始想办法突破这些限制,并创建了一个名为TALED的新型基因编辑平台,可以实现线粒体中A到G的转换。TALED很大程度扩大了线粒体基因组编辑的范围,不仅可以为建立疾病模型做出重大贡献,还可以为遗传病治疗贡献不容小觑的力量。”这次研究的突破点在于,仅能在人类mtDNA中进行A到G转换就可以纠正90种已知致病突变中的39种(占比43%)。
  研究过程历经多次的试错,研究人员通过融合三个不同的组件创建了TALED。第一个组件是是转录激活因子样效应子(TALE),它能够呈现靶向DNA序列。第二个组件是TadA8e,一种促进A到G转换的腺嘌呤脱氨酶。第三个组件DddA tox是一种胞嘧啶脱氨酶,它使DNA更容易被TadA8e识别。
  TALED另一个神秘的功能是TadA8e能够在具有双链DNA(dsDNA)的线粒体中进行A到G编辑,令人疑惑的地方在于TadA8e是一种已知仅对单链DNA具有特异性的蛋白质。
  研究人员对这个现象进行推测,DddA tox允许通过瞬时展开双链来访问dsDNA。这个转瞬即逝的时间窗口允许TadA8e这种超速效酶,快速进行关键的编辑动作。除了调整TALED的组件外,研究人员还开发了一种能够同时进行A-to-G和C-to-T碱基编辑以及仅A-to-G碱基编辑的衍生技术。
  研究人员还通过这项线粒体DNA编辑新技术来实现单细胞衍生克隆。结果表明,TALED编辑技术既没有细胞毒性,也不会导致线粒体DNA不稳定。此外,在核DNA中没有不良的脱靶编辑,线粒体DNA中的脱靶效应也很少。
  研究人员表示,下一步的目标是通过提高编辑效率和特异性来进一步改进TALED这项技术,最终为纠正胚胎、胎儿、新生儿或成年患者中引起疾病的线粒体DNA突变铺平道路。研究团队还专注于开发适用于叶绿体DNA中A到G碱基编辑的TALED,叶绿体DNA编码植物光合作用中的必需基因。
  作为基因编辑的重要组成部分,基因编辑工具又被称为“基因剪刀”,可以说,基因编辑能否达到预期效果,基因编辑工具起到了至关重要的作用。对此,再生医学网表示,该项研究成果的问世,昭示着基因编辑进入了新的时代。
关键字:碱基编辑,基因编辑,脱氨酶,线粒体
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