2012年6月，全国政协“加强基层中医药能力建设”调研组在调研中发现，“中医药国十条”以及深化医改的相关文件提出的很多政策都没有得到有效落实，如“将农村一技之长中医人员纳入乡村医生管理”，各地均未实施。只有很少的中医医疗项目和中药制剂能纳入医保报销范围，有的地方甚至不予报销；中医医疗服务收费项目少、收费低。在村卫生室针灸、拔罐、刮痧等中医适宜技术甚至无法收费。这些都严重影响了基层医务人员提供中医药服务的积极性。

    一些专家和业内人士反映，当前在各种具体法规、政策、制度、措施中，都存在不符合中医药规律甚至带有歧视性的规定，阻碍和束缚了中医药的发展，如用西医的标准考录中医执业医师，按照西医医院的模式审批中医院，用西药的理论、标准和方法来评审中药等。

    中医药管理体制不健全是导致相关政策在基层难以落实的重要原因。目前我国中医药管理职能薄弱，机构设置堪称“高位截瘫”，地级市和县级中医药管理力量薄弱甚至缺失。

    据国家中医药管理局政策与法规司副司长桑滨生介绍，全国只有15个省区市设立了副厅级中医药管理局；全国280多个地级市中仅有54个成立了中医药管理局，不少地级市连中医科也没有；许多县甚至没有专人负责中医药工作。中医药管理机构在省级以下就“断了腿”，导致相关政策措施很难贯彻落实到基层。中医药产业是中医药事业的支撑，但目前国家中医药管理部门职能过弱，管理权限难以涉及到产业。2012年8月，民革中央在相关调研中认为，目前中医药产业存在多头管理、缺乏统筹协调的情况，不利于中医药产业的发展，也影响中医药事业的发展。