单细胞测序技术是当下的一个热点。
再生医学网获悉,近期,美国麻省理工学院Aviv Regev、Orit Rozenblatt-Rosen等研究人员,合作开发了新单细胞工具可用于新鲜和冷冻人类肿瘤的分析。这一研究成果发表在2020年5月11日的《自然—医学》上。
研究人员开发了系统型工具,即分别使用单细胞RNA-Seq(scRNA-Seq)和单核RNA-Seq(snRNA-Seq)对新鲜和冷冻的临床肿瘤样品进行分析。研究人员分析了23个标本中40个样品的216,490个细胞和细胞核,这些标本涵盖了八种不同组织和样品特征的肿瘤类型。
研究人员通过细胞和细胞核质量、恢复率和细胞组成评估了方案。匹配样品中的scRNA-Seq和snRNA-Seq可得到相同的细胞类型,但比例不同。
这一工作为广泛的肿瘤研究提供了指导,包括从其他肿瘤工具中测试和选择方法的标准,从而为绘制肿瘤图谱铺平了道路。
据了解,单细胞基因组学对于绘制肿瘤生态系统至关重要。尽管单细胞RNA-Seq(scRNA-Seq)可以分析从新鲜肿瘤中分离的细胞中的RNA,但仍需要单核RNA-Seq(snRNA-Seq)来分析冷冻或难分离的肿瘤。每一种都需要针对不同的组织和肿瘤类型进行定制,这为采用提供了障碍。
(备注:图片源于网络。)