这项防止线粒体遗传疾病的技术因涉及培育“三合一”胚胎而备受争议。关于孩子有三位父母的说法，去年负责从伦理角度对技术程序进行审查的英国纳菲尔德生物伦理委员会主管休·惠托尔直斥，这是“具有误导性、不恰当和无益的”，因为来自捐赠者线粒体的基因只有37个，相比父母遗传的超过2万个基因，这一数字少到可以忽略不计，甚至远远低于通过输血或器官移植获得的捐赠者基因。

    更有人担忧，一旦线粒体种系疗法获得批准，则可能为核种系疗法铺平道路，即对细胞核中的基因进行修改。通过这种方式来规避由细胞核DNA遗传的疾病当然是极其诱人的尝试，但也因其复杂性而极具风险，同时也难以避免招致“设计婴儿”的质疑：如果能够治愈一种疾病，是不是考虑一下顺便也增强其他的功能？对此，惠托尔和英国人工授精和胚胎学管理局都表示，核种系疗法与线粒体替换是两回事。“这是基于完全不同目的的另一种技术。”惠托尔说。

    英国人工授精和胚胎学管理局针对线粒体替换技术的安全性和有效性展开了审查。去年下半年，该局又通过网上问卷及开展公众讨论等形式收集了民众的意见。结果显示，尽管有部分人担忧新技术的安全性等问题，但大部分民众对这项技术表示支持。

    该局同时建议，如果政府给新技术“开绿灯”，应采取相关政策予以严格管控，包括：只能由获得许可的诊疗机构实施线粒体替换技术；应对采用该技术出生的孩子开展后续研究；卵子捐赠人应被视作组织捐赠者对待，这意味着她们不能主张对孩子的权利；除非双方同意，否则新生儿未来无权获取线粒体提供者的个人信息等。