专家认为，三项医保之间既有交叉又有断裂，管理部门的分散也带来了财政的重复投入和管理上的相互掣肘，随着我国城乡一体化的快速发展，整合三项基本医疗保障制度的管理势在必行。

　重复参保，造成资源浪费。去年审计署公布的审计情况显示，城镇职工和城镇居民基本医疗保险以个人为单位参保，新农合以家庭为单位参保，险种间保障对象有交叉，即便同一险种各地政策也有差异。上述情况造成重复参保，截至2011年底，538.47万人重复参加新农合、城镇职工或城镇居民基本医疗保险，造成财政多补贴7.92亿元。

　由于分属两个部门管理，新农合和城镇居民医保在大部分地区的行政、经办等管理资源并行，人员、机构、信息系统分割，互不相容，难以衔接。为此，很多地方的医院需要设两个报销窗口，分别对接。

　职工医保筹资水平高，有不一样的报销目录、政策，待遇较高，而新农合、居民医保筹资水平较低，总体保障水平较低，造成制度不公。最常见的情况是，有的家庭就业者参加职工医保，家属参加别的医保，职工医保参保人一年看病的钱不到起付线，而其他医保的钱不够用。

　“我国三大医保资金年度筹资达到8000亿元，覆盖超过12亿人，其中70%是新农合参合人，但新农合筹资规模却只有2000亿元左右，约占1/4。多部门、分制度、分人群管理体制已不适合新型城镇化的要求。”中国社科院劳动与社会保障研究中心主任王延中说。

　而从保险的疾病风险分担机制建设来说，“碎片化”的制度、管理模式，不利于提高统筹层次，不符合大数法则，难以发挥出最大的效益，从而对基金的管理产生风险。